GATK在处理vcf文件的时候，需要vcf文件有index文件。要么是*.vcf.idx， 要么是.vcf.gz.tbi.

 

假如一个vcf文件名为 “a.vcf”; .

 

1. 可以用“a.vcf”生成 “a.vcf.idx”,方法如下：

 

igvtools index a.vcf #其实很多软件都可以做到

 

2. 可以用生成“a.vcf.gz.tbi”,方法如下：

 

bgzip -c a.vcf >a.vcf.gz #这里必须先用bgzip压缩

 

tabix -p vcf a.vcf.gz

 

 

但实际上，现在GATK好像逐渐抛弃了idx格式，更多的建议使用tbi格式。