Cygwin是一个在windows平台上运行的类UNIX模拟环境，是cygnussolutions公司开发的*软件。Cygwin是许多*软件的集合，Cygwin的主要目的是通过重新编译，将POSIX系统上的软件移植到Windows上。Cygwin包括了一套库，该库在win32系统上实现了POSIX系统调用的API，还有一套GNU开发工具集(比如GCC，GDB)，这样可以进行简单的软件开发，还有一些UNIX系统下的常见程序。Cygwin不支持Unicode，实际上，除了当前windows系统以及OEM codepages，Cygwin对其它字符集都不支持。

1、  从 http://cygwin.com/install.html下载setup-x86_64.exe ;

2、  将其存放到D:/soft/Cygwin文件夹下，运行setup-x86_64.exe,->下一步->Install from Internet, 下一步->RootDirectory: D:\ProgramFiles\cygwin64,下一步->Local PackageDirectory,下一步->Direct Connection,下一步->http://mirrors.kernel.org,下一步->DevelDefault点成Devel Install(根据需要选择安装，也可全部安装),下一步->下一步(时间较长)->完成；

3、  验证Cygwin是否安装成功：打开Cygwin，输入相关命令如，gcc -v，make –v；

4、  从https://developer.android.com/tools/sdk/ndk/index.html下载Android NDK，解压缩后将其存放到D:\ProgramFiles\Android\android-sdk\android-ndk-r9下；

5、  打开D:\ProgramFiles\cygwin64\home\Spring文件夹下的.bash_profile文件，在其末尾加入：ANDROID_NDK_ROOT=/cygdrive/d/ProgramFiles/Android/android-sdk/android-ndk-r9

PATH=/cygdrive/d/ProgramFiles/Android/android-sdk/android-ndk-r9:/cygdrive/d/ProgramFiles/Android/android-sdk/android-ndk-r9/toolchains/arm-linux-androideabi-4.8/prebuilt/windows-x86_64/bin:/cygdrive/d/soft/Java/eclipse/plugins/org.apache.ant_1.8.2.v20110505-1300/bin:$PATH

export ANDROID_NDK_ROOT PATH

6、  打开Cygwin，输入命令cd $ANDROID_NDK_ROOT，如果显示/cygdrive/d/ProgramFiles/Android/android-sdk/android-ndk-r9 ,说明配置成功；

7、  仿照http://blog.csdn.net/fengbingchun/article/details/11580983新建一个AndroidApplication Project:

MainActivity.java:

package com.cygwinjni.android;

import android.os.Bundle;
import android.app.Activity;
import android.view.Menu;
import android.widget.TextView;


public class MainActivity extends Activity {

	@Override
	protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
		super.onCreate(savedInstanceState);
    		TextView tv = new TextView(this);  
    		tv.setText(StringFromJni());  
    		setContentView(tv);  
	}

	public native String StringFromJni();

	static{
		System.loadLibrary("hello-jni");
	}
}

LOCAL_PATH := $(call my-dir)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE    := hello-jni

LOCAL_SRC_FILES := com_cygwinjni_android_MainActivity.cpp

include $(BUILD_SHARED_LIBRARY)

#include <string.h>
#include <jni.h>
#include "com_cygwinjni_android_MainActivity.h"

#ifdef __cplusplus
extern "C" {
#endif

JNIEXPORT jstring JNICALL Java_com_cygwinjni_android_MainActivity_StringFromJni
  (JNIEnv * env, jobject thiz)
{
     return env->NewStringUTF("Hello from JNI !");
}

#ifdef __cplusplus
}
#endif

com_cygwinjni_android_MainActivity.h文件由javah -classpath命令生成；

8、  将Cygwin定位到jni目录下，输入ndk-build命令，会生成相应的.so库。

如果有写入操作，需要：打开AndroidMainfest.xml ->选择Permissions->Add->UsesPermission->Name: android.permission.WRITE_EXTERNAL_STORAGE .

Cygwin的安装及在Android jni中的简单使用举例