shell 脚本在linux中的应用

shell脚本在linux中应用广泛,之前一直选用python写脚本来进行一些文件操作,但是最后发现shell脚本非常方便,所以特意来学习下皮毛,便于提高自己效率

  • 定义变量

  •  1 country="China"
    2 Number=100
    3
    4 ##注意
    5 ##变量名和等号之间不能有空格
    6
    7 ##若有调用变量,则加$即可,可perl一样
    8
    9 ## 输出 country, 用echo即可
    10 echo $country
  • 字符串

  •  1 ## 单引号
    2 # 单引号里的任何字符都会原样输出,单引号字符串中的变量是无效的;
    3 # 单引号字串中不能出现单引号(对单引号使用转义符后也不行)。
    4
    5 ## 双引号
    6 # 双引号里可以有变量
    7 country="China"
    8 echo "hello, $country"
    9 # 双引号里可以出现转义字符
    10
    11 ## 提取字符串长度,#号即可
    12 string="abcd"
    13 echo ${#string} #输出 4
    14
    15 ## 提取子字符串; string
    16 string="alibaba is a great company"
    17 echo ${string:1:4} #输出liba
    18
    19 ## 查找子字符串; index
    20 string="alibaba is a great company"
    21 echo `expr index "$string" is`
  • 处理路径的字符串

  •  1 ## 获取文件名; basename
    2 basename /home/xiaoming/1.txt
    3 结果 1.txt
    4
    5 ## 获取多个路径,参数-a
    6 basename -a /home/xiaoming/1.txt /home/ye/2.txt
    7 结果:1.txt
    8 2.txt
    9
    10 ## 去掉文件名的后缀,参数 -s
    11 basename -s .txt /home/xiaoming/1.txt
    12 结果:1
    13
    14 ## 获取路径 dirname
    15 dirname /home/xiaoming/1.txt
    16 结果:/home/xiaoming
  • if语句

  •  1 a=10
    2 b=20
    3 if [ $a == $b ]
    4 then
    5 echo "a is equal to b"
    6 else
    7 echo "a is not equal to b"
    8 fi
    9
    10 ## 也可以一行表示,一行则需要添加分号
    11 if test $[2*3] -eq $[1+5]; then echo 'The two numbers are equal!'; fi;
  • for循环

  •  1 ## 显示主目录下以 .bash 开头的文件
    2 #!/bin/bash
    3 for FILE in $HOME/.bash*
    4 do
    5 echo $FILE
    6 done
    7
    8
    9 ## 读取文件含有fq的文件,并对其进行压缩; linux中用grep等
    10 for file in $(ls |grep fq)
    11 do
    12 bgzip -f $file
    13 done
    14
    15 ## 读取reads,进行hisat2比对
    16 for ((i=56;i<=58;i++));do hisat2 -t -x genome -1 SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz -2 SRR35899${i}.sra_2.fastq.gz -S SRR35899${i}.sam ;done

持续学习!!

参考

linux下的shell脚本(基本)

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